Szabadka az ország legnagyobb katolikus városa. A szabadkaiak túlnyomó többsége, mintegy 70%-a, római katolikus hitű. A város a Szabadkai Egyházmegye székhelye. Összesen 10 katolikus plébániatemplom, több kápolna és egy ferences templom és rendház tartozik hozzá. Ezen felül két szerb ortodox, egy evangélikus és egy református templom található a városban.

  A II. világháborút megelőzően mintegy négyezer zsidó is élt a városban. A szabadkai zsinagóga a magyar szecessziós építészet egyik legkiválóbb példája. A zsidó származású szabadkaiak, illetve a magukat zsidónak vallók száma a második világháború óta alig éri el a fél százat.

  Szabadkán az 1990-es években alakult meg az iszlám közösség 22 fővel. Mára már hétezer muszlim lakik a városban, tízezer a Vajdaságban. 2008. augusztus 17-én adták át a Muhádzsír Dzsámi névvel illetett, Halasi úti kupolás-minaretes dzsámit.